本所創建於民國五十一年十月四日，由當時國立臺灣大學商學系與行政院國家長期發展科學委員會(國科會前身，現今之科技部)講座教授邢慕寰先生擔任籌備處主任，並組織「設所諮詢委員會」，聘任何廉、李卓敏、李榦、劉大中、蔣碩傑、楊樹人、施建生、邢慕寰、及萬又煊九人為委員，協助策劃籌備事宜。籌備工作於七年後結束，民國五十九年二月一日中央研究院經濟研究所正式成立，並由籌備處主任邢慕寰先生擔任首任所長。其後所長依序為于宗先先生、劉克智先生、李庸三先生、許嘉棟先生、胡勝正先生、管中閔先生、彭信坤先生、簡錦漢先生、陳恭平先生，以及現任的代理所長許育進先生。目前全所共有研究人員32名，包括特聘研究員4名、研究員11名、副研究員6名，以及助研究員11名。另有通信研究員3名、合聘研究員1名及兼任研究員8名。

本所研究空間包含A、B、C三棟。民國五十二年，行政院國家長期發展科學委員會補助本所建築經費興建A棟二層辦公樓，同年一月十七日破土興建，五十三年六月六日落成遷入使用。由於人員擴增，原有空間不敷使用，政府復於六十九年及七十年撥款興建地上五層及地下一層之B棟研究大樓，並於七十一年七月一日正式完工啟用。民國八十八年於修繕原有兩棟大樓的同時，將國科會資料中心收回，成為本所的C棟大樓。

本所早期以本土研究為重點，曾針對臺灣經濟發展所遭遇及可能發生之重大經濟問題，結合國內外經濟學者，進行一系列的專案研究。先後完成「當前臺灣物價問題」、「臺灣經濟發展方向及策略」、「臺灣人力資源」、「臺灣經濟計量模型」、「臺灣所得分配」、「臺灣金融發展」等大型專案研究計畫。近年來，在實證領域之外，亦逐漸加重理論性及基礎性的研究。並積極推展國際化，加強與國內外學術界的交流，舉辦國際會議與執行國際學術交流合作計畫等。

隨著研究領域的擴充，民國七十一年開始，本所將研究人員按領域分成四組，第一組以經濟理論及計量方法為研究重點；第二組研究偏重於應用經濟分析，包括產業及區域經濟、農業、環境與資源經濟，及醫療與福利經濟等領域之實證與政策分析；第三組之研究重點是總體面的經濟分析，包括貨幣金融、財政理論及國際貿易與國際金融等領域；第四組之研究則包含經濟史、經濟發展及人口與勞動經濟等。後因本院研究所組織規程修改，各所組編制於民國九十一年底取消。雖然如此，本所秉持各領域並重方式，持續積極地從事理論及實務的研究。

自創所以來，本所即非常重視研究人才之培育。一方面鼓勵同仁出國進修或從事短期研究，並積極地邀請國外學者來訪，進行雙方合作。另一方面也與國內各公私立大學合作，協助博碩士班之教學及論文指導工作。近幾年，本所更積極參與本院「人文社會科學博士候選人培育」、「延聘博士後研究人員」、「獎勵國內學人短期來院訪問」等計畫，協助國科會舉辦「經濟學卓越營」的教學工作。自民國一○四年起，本所並與芝加哥大學東亞研究中心合作，於每年暑假舉辦「臺灣經濟學術研究營」，藉此提攜後進與年輕研究學者。此外，本所亦開放豐富的圖書館藏，供外界查閱，並與院內其他人文社會系所合作購置大型資料庫，強化軟硬體設備，充實研究資源，努力為經濟學界儲備人才。

本所先後於民國五十九年和六十二年發行「臺灣經濟預測與政策」與「經濟論文」二份期刊。「臺灣經濟預測」半年刊，由于宗先先生策劃完成。除發布經濟預測數據外，也以政策研究與評估、預測、模擬及評估方法等為研究重點，是國內最早的經濟預測刊物。為因應經濟政策分析的需求，該刊於民國七十七年更名為「臺灣經濟預測與政策」，著重當前經濟問題或政策相關討論，該份期刊已成為國內產官學界重要的參考資料。「經濟論文」為季刊，出版各種經濟理論與實證的論文，是國內第一份被列入美國經濟學會Journal of Economic Literature的期刊。並在八十八年經國科會評審為人文社會科學類之「傑出期刊」，這是國科會第一次對國內經濟學期刊頒發的傑出獎。這兩份期刊均被列入「臺灣社會科學引文索引」(TSSCI)資料庫。

本所一向以提升國內經濟學研究水平為己任，除了出版期刊與專書、舉辦學術研討會、並主辦「當代名經濟學家演講系列」及「中華經濟演講系列」，邀請國際知名經濟學者來台演講。本所也創風氣之先，建立嚴格的研究人員升等續聘評鑑制度，作為提升學術研究水準的基礎。近年來，本所陸續有多位同仁分別獲得傑出人才發展基金會之「傑出人才獎座」、教育部「學術獎」、國科會「傑出研究獎」、及中研院「年輕學者研究著作獎」，以及國際學術組織世界科學院「院士」與「青年學者」等殊榮。

本所已在個體經濟、賽局、公共經濟、區域經濟，與經濟計量的理論發展方面取得了可觀的成績。在總體經濟、財務經濟、家庭與勞動經濟，及農業經濟等領域的實證研究上亦累積豐碩的成果，未來將持續推動理論與實證的平衡發展。在公共政策研究方面，將結合相關同仁的專長，針對臺灣相關政策從事嚴謹的分析，以提高研究深度。並對當前經濟問題以及長期經濟發展提供中肯且務實的政策建言。