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第一層： 所長、所務會議、學術事務委員會、學術諮詢委員會
第二層： 副所長
第三層：
副所長以下管轄部份：
　1. 研究人員
　　 1-1. 學術研究
　2. 聘任審查委員會
　3. 「經濟論文」編輯委員會
　4. 「臺灣經濟預測與政策」編輯委員會
　5. 學術研討會規劃委員會
　6. 圖書館委員會
　　 6-1. 圖書館
　7. 電腦委員會
　　 7-1. 電腦室
　8. 康樂委員會
　9. 行政事務
　　 9-1. 人事
　　 9-2. 會計
        9-3. 出納
        9-4. 採購
        9-5. 總務